Budowa wiaduktu mimo bardzo dużego spodziewanego efektu inwestycji polegającego na likwidacji przejazdu i doprowadzeniu do bezpiecznego, nie wymagającego oczekiwania na rogatkach, przejazdu nad linią kolejową, pociąga za sobą również pewne niedogodności związane z samą budową. Ze względu na trwający równolegle na linii kolejowej E20 projekt związany z zabudową systemów sterowania ruchem kolejowym gmina Komorniki została w pewnym momencie uzgodnień pomiędzy PKP PLK S.A. a gminą Komorniki postawiona przed wyborem całkowitego zamknięcia ul. Kolejowej na przełomie I i II kwartału 2022r. lub utrzymania jego przejezdności w zamian za pokrycie zmiany aplikacji zabudowywanych systemów sterowania ruchem kolejowym co zostało wycenione na kwotę ok. 5 mln zł. Decyzja nie była łatwa jednak ze względu na aspekt ekonomiczny nie pozostawiała wątpliwości o konieczności zamknięcia przejazdu zgodnie z wymogami PKP PLK S.A. W związku z powyższym ostateczna data zamknięcia przejazdu to 31. 05. 2022 r.