W miarę postępu odkryć archeologicznych zdefiniowano dwa obszary prezentacji wykopalisk, w formie wyniesionych ponad powierzchnię placu przeszkleń, przez które można zajrzeć do komór ekspozycyjnych.

W pierwszej wyrasta Zegar Historii. To 12-metrowy obelisk z polerowanej stali autorstwa Piotra Wełniaka. Ideą przewodnią rzeźby jest symboliczne przedstawienie dziejów kolegiaty pw. Św. Marii Magdaleny, od prawdopodobnej daty rozpoczęcia budowy, poprzez kolejne fazy rozwoju, destrukcje, aż do ostatecznej rozbiórki. Pod przeszkleniem obok obelisku znajdują się dwa zabytki architektury: fragment ściany fundamentowej krypty oraz relikt ławy fundamentowej. Jest też tam serce z dzwonu kolegiaty, będące zabytkiem ruchomym. Zostało ono przeniesiono spod wejścia głównego poznańskiej fary. Umieszczone w kopule dzwonu w pozycji poziomej, o pełnych godzinach wprowadzane jest w horyzontalny ruch wahadłowy.

Pod drugim przeszkleniem (w tzw. komorze B) można obejrzeć m.in. kamienny chodnik, próg do kruchty – symbolicznie pokazujący granicę kościoła, posadzkę późnośredniowieczną – wykopaną z kaplicy, która była położona 2 metry poniżej powierzchni gruntu oraz fragment portalu z symbolami ewangelistów (św. Marka i św. Łukasza).

Projektantom ekspozycji zależało, aby osoba oglądająca miała świadomość, iż trzy elementy nie zostały wykopane w miejscach, w których się znajdują, a dodane w celu wzbogacenia opowieści.