W obszarze wspomnianego budynku w trakcie robót budowlanych napotkano na wiele zabytków po Kolegiacie: fundamenty, mury obwodowe, filary konstrukcyjne, liczne krypty. Mnogość zabytków sprawiła, że nie jest możliwe posadowienie zaprojektowanego fundamentu budynku, zgodnie z projektem i trzeba szukać indywidualnego, autorskiego rozwiązania zakładającego pośrednie posadowienie konstrukcji.

W trakcie trwającej od kwietnia zeszłego roku inwestycji w obszarze przebudowy dokonano ekshumacji szczątków ponad 4 tysięcy osób, w większości patrycjuszy miejskich pochowanych w kryptach kościoła i na okolicznych cmentarzach. Znaleziono również kilkanaście tysięcy zabytków pochodzących z różnych wieków. Wśród nich kilka tysięcy monet, w tym dwie złote oraz kilkadziesiąt karawak, czyli krzyży cholerycznych, z dwiema poprzecznymi belkami, które miały chronić osoby je noszące przed epidemiami i zarazami.

– Problemy związane z niezwykłą historią tego miejsca sprawiają trudności w dotrzymaniu zakładanych terminów i wiele wskazuje na to, że całość placu oddamy do użytku nie jak zakładaliśmy do końca tego roku a na początku następnego. Nie wykluczamy jednak odbiorów częściowych, co powoli korzystać z części przestrzeni wcześniej a jednocześnie kończyć prace w pomieszczeniach podziemnych – zaznacza Katarzyna Parysek-Kasprzyk.