Stainer Polonia od kilku lat nie potrafi przebić się wyżej niż IV liga. „Apo” postanowił więc przenieść się do akademii, z większymi perspektywami rozwoju. Wybrał Wartę Poznań. Trenerzy obserwowali go tam z zadowoleniem. Młodzieniec imponował temperamentem, wydolnością fizyczną, a także umiejętnościami technicznymi. W zespole juniorskim rozegrał dwa pełne sezony. Kiedy przyszedł moment wprowadzania adepta do pierwszego zespołu, nastolatek dowiedział się, że ówczesny trener Petr Nemec nie widzi go w swojej wizji drużyny.

Ostatecznie „Apo” nie doczekał się debiutu w Fortuna I Liga. Seniorskiej piłki zasmakował po raz pierwszy na wypożyczeniu w trzecioligowej Polonii Środa Wlkp. Rozegrał tam tylko rundę jesienną, ale tyle wystarczyło, by wzbudzić zainteresowanie bogatszych klubów. W pół roku zdołał rozegrać 17 spotkań, w których zdobył 6 goli. Po wygaśnięciu kontraktu Apolinarski dostał „zielone światło” w poszukiwaniu nowego klubu.