We wrześniu 1939 r. zgłosił się ochotniczo do obrony Warszawy. Po kapitulacji dostał się do niewoli niemieckiej. Po zwolnieniu – 14 października, wrócił do Izdebna, ale już 16 października 1939 r. został aresztowany przez Gestapo i uwięziony w Chrzypsku Wielkim, a następnie w Międzychodzie. Stamtąd przewieziono go do obozu karnego w Skwierzynie. Na początku 1940 r. trafił do Fortu VII w Poznaniu. 30 lub 31 stycznia tego samego roku (w zależności od wersji) został tam zamordowany. Miejsce pochowania jego zwłok jest nieznane. Wincenty Nowaczyński to prawdopodobnie najwyższy rangą oficer zamordowany w Forcie VII.

Pułkownik Nowaczyński został zapamiętany jako lubiany i szanowany dowódca. Za zasługi wojskowe odznaczono go m.in. Orderem Virtuti Militari V klasy, Krzyżem Walecznych, Medalem za Wojnę 1918-1921, Medalem Dziesięciolecia Odzyskania Niepodległości, Krzyżem Laterańskim, Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski oraz pośmiertnie Medalem za udział w wojnie obronnej 1939 r. W rocznicę odzyskania Niepodległości – w listopadzie 2018 roku pułkownik Wincenty Nowaczyński został mianowany pośmiertnie przez Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej na stopień generała brygady. AJ

Fot. Hieronim Dymalski