Doświadczony gracz pochodzi z Kostrzyna nad Odrą, a w lokalnej Celulozie stawiał swoje pierwsze kroki na piłkarskiej drodze. Wiosną 2003 roku trafił do Amiki Wronki, a jego kariera nabrała zdecydowanego rozpędu. Po nieco ponad dwunastu miesiącach zadebiutował w ekstraklasie, w której rozegrał w barwach tej ekipy 33 mecze. W 2006 roku został piłkarzem Lecha Poznań i to właśnie w nim występował najdłużej, bo aż przez sześć sezonów. Łącznie reprezentował klub ze stolicy Wielkopolski blisko 150 razy, a wraz z nim cieszył się z tytułu mistrza Polski w 2010 roku i zdobycia krajowego pucharu rok wcześniej. W tym czasie strzelił dla Kolejorza 4 gole i zanotował 6 asyst.

W lipcu 2012 roku Wojtkowiak przeniósł się do Monachium, a wraz z drużyną TSV 1860 rywalizował na zapleczu niemieckiej Bundesligi. Przez 30 miesięcy w zespole „Lwów” uzbierał 67 gier, by powrócić nad Wisłę, a konkretnie do Lechii Gdańsk, w której spędził 4,5 roku. Doświadczenie tego zawodnika nie ogranicza się jednak tylko do piłki klubowej. W reprezentacji Polski wystąpił po raz pierwszy we wrześniu 2008 roku przeciwko San Marino, a ogółem zakładał trykot z orzełkiem na piersi 24-krotnie. Obsadzał w niej każdą pozycję w bloku obronnym, zarówno na jego obu bokach, jak i w środku boiska.