Większość mutacji nie doprowadza do żadnych zmian w budowie białek i jest obojętna dla wirusa. Niektóre z kolei wywołują zmiany niekorzystne, np. ograniczające możliwość zakażania komórek lub zmniejszające tempo replikacji – takie mutacje będą selekcjonowane negatywnie. Inne mutacje mogą natomiast być dla wirusa korzystne – podlegają wtenczas selekcji pozytywnej i będą się upowszechniać. Do mutacji SARS-CoV-2 tego ostatniego typu należała D614G, którą po raz pierwszy wykryto na przełomie stycznia i lutego 2019 r. Prowadziła ona do pojedynczej zmiany w określonym miejscu łańcucha aminokwasowego białka S – z kwasu asparaginowego (D) na glicynę (G). Mutacja ta zwiększyła możliwość zakażania komórek przez SARS-CoV-2 i w związku z czym bardzo szybko się upowszechniła.

– Warianty to formy wirusa z określonym układem mutacji – dodaje prof. Rzymski. Mutacje, jak i warianty je posiadające, deponowane są w bazie GISAID. Liczba rozmaitych wariantów jest bardzo duża. Oznaczane są akronimami. I tak na przykład wariant tzw. brytyjski to B.1.1.7, a tzw. afrykański – 501.V2. Mutacje i warianty identyfikuje się poprzez sekwencjonowanie całego genomu w wybranych próbkach wymazów i porównywanie wyników do tych obecnych już w bazach danych.

Szczepy – tak mówi się na formy danego wirusa, należące do tego samego gatunku, które posiadają pewne unikalne cechy fenotypowe (takie jak unikalne właściwości antygenowe, zakres żywicieli lub objawy wywoływanej choroby) pozostające stabilne w warunkach naturalnych. Warianty wirusa z prostymi zmianami w materiale genetycznym nie są rozróżniane jako odrębne szczepy.